サラブレッド及び関連馬種の父系系統樹

カレントバイオロジーの論文を参考に、作図してわかりやすくしてみました。（余計わかりにくくなってる気も）

○黒い線は突然変異

○イタリックで示した馬は父系に誤りがある馬

丸が隣接しているところは、この調査では区別が付かず、入れ替わっていても判断が付かないところです。

セントサイモン系は、ダーレーアラビアンのTb-dではなく、アハルテケのTbを持ちますが、これが未知の種牡馬から来ているのか、バイアリータークから来ているのか、この図では分かりません。

ただし、エクリプスはTb-d又はTb-dWであることが分かっているので、それ以降の入れ替わりであることは確定的で、時代的にはヘロド系隆盛の時代となります。オルコックアラビアン起源の可能性もわずかに残りますが。

サラブレッドではその他の誤りは見つかっていないようですが、非サラブレッドですと、クォーターホースに残るダイオメド系２系統がそれぞれダーレーアラビアン系とゴドルフィンアラビアン系のハプロタイプになっていること、ハノーファーのマッチェム系の一部（Ferdinand）がダーレーアラビアン系のハプロタイプになっていること、フライングチルダース系のうち、マンブリノを経由せず、Old Shalesからハクニーになったグループに、ホエールボーンとハプロタイプTと呼ばれる別の父系の混入が見られます（Old Shalesの父は元々フライングチルダース系のブレイズではないという説もあり、この辺は混乱しています）。

追記

Y染色体の変異速度から、三大始祖をさらに遡った、仮想される共通始祖についても言及されています。16世紀後半～17世紀に生きていた1頭のアハルテケに行きつく可能性が高いそうです。